GeneDock與CDC共建云平臺，大數(shù)據(jù)力挺傳染病防控

GeneDock 云平臺大數(shù)據(jù) 傳染病防控

劉涌 | 2016-04-12 10:08

【數(shù)據(jù)猿導讀】據(jù)悉，企業(yè)級基因數(shù)據(jù)云計算平臺GeneDock（聚道科技）近日與中國疾病預防控制中心（中國 CDC）傳染病預防控制所合作開發(fā)的微生物數(shù)據(jù)分析云平臺已正式上線開放，將用大數(shù)據(jù)深耕傳染病防控

企業(yè)級基因數(shù)據(jù)云計算平臺GeneDock(聚道科技)與中國疾病預防控制中心(中國CDC)傳染病預防控制所合作開發(fā)的微生物數(shù)據(jù)分析云平臺(以下稱“云平臺項目”)已于今日正式上線開放。

云平臺項目由中國疾控中心傳染病預防控制所發(fā)起，主要是為了提升傳染病領域大數(shù)據(jù)的利用效率，實現(xiàn)高通量測序技術在病原菌檢測和監(jiān)測工作中的標準化應用，讓非專業(yè)人員也可以快速、準確、方便地開展生物信息分析，鑒定樣本微生物的組成和基因組特征，并盡快開展后續(xù)的深入研究和信息挖掘。

“傳染病防控領域與人類健康息息相關，對數(shù)據(jù)利用的時效有較高的要求，同時需要不同城市的部門和實驗室之間實現(xiàn)數(shù)據(jù)共享和交互，以及標準化的數(shù)據(jù)分析流程，云計算為打通這些環(huán)節(jié)提供了可能性。”傳染病預防控制所項目負責人張雯說，“我們希望可以通過微生物分析平臺的建設，促進國內(nèi)疾控數(shù)據(jù)的交互，推動高通量測序技術在國內(nèi)病原菌檢測和監(jiān)測工作中的有效利用。”

首期云平臺項目發(fā)布了6個不同的生物信息分析流程，可實現(xiàn)NGS數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制、基因預測、進化分析、蛋白注釋等功能。平臺的web前端目前可支持至少100位用戶同時并行操作，80個分析作業(yè)的并行進行。彈性的平臺設計支持未來對計算和存儲資源的無限擴展。

值得關注的是，云平臺項目開發(fā)過程中出現(xiàn)了一些預料之外的狀況：例如，傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)存儲和云平臺存儲方式具有較大差異；由于疾控領域信息的敏感性，對數(shù)據(jù)安全和用戶賬戶權限的嚴格分級控制都具有很高的要求；實驗室過去編寫和部署流程沒有比較統(tǒng)一的標準和環(huán)境等。針對這些問題，雙方最終確定了如下系統(tǒng)架構：

“平臺主要向CDC系統(tǒng)的各級科研和衛(wèi)生防疫人員提供可視化的微生物數(shù)據(jù)分析流程。我們已經(jīng)合作將微生物領域所需的基因數(shù)據(jù)分析流程遷移到平臺上，包括傳染病預防控制所專家們自主研發(fā)的最新算法和分析流程。GeneDock的基因數(shù)據(jù)云服務在底層全面支撐這些重要業(yè)務。”GeneDock首席技術官王樂珩說。

另據(jù)介紹，GeneDock團隊在云平臺項目中應用的關鍵數(shù)據(jù)技術，包括在安全方面，平臺在數(shù)據(jù)傳輸和存儲過程中全面應用了數(shù)字簽名、金融級加密等工業(yè)級技術；新設計的企業(yè)級母子賬戶權限系統(tǒng)，滿足科研用戶對珍貴基因數(shù)據(jù)的控制和分享需求；在數(shù)據(jù)傳輸方面，GeneDock獨有的基因數(shù)據(jù)壓縮算法和傳輸系統(tǒng)，提高數(shù)據(jù)傳輸?shù)男?；另外，GeneDock提供了分析流程配置工具，方便生物信息學家研發(fā)新的分析流程。

來源：36氪

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